正确答案：
A选项不当选。《国家赔偿法》第21条第3款规定:“对公民采取逮捕措施后决定撤销案件、不起诉或者判决宣告无罪的，作出逮捕决定的机关为赔偿义务机关。”本案中法院判决方某无罪，应该由作出逮捕决定的检察院作为赔偿义务机关。
B选项不当选。《国家赔偿法》第23条第1款规定:“赔偿义务机关应当自收到申请之日起两个月内，作出是否赔偿的决定。赔偿义务机关作出赔偿决定，应当充分听取赔偿请求人的意见，并可以与赔偿请求人就赔偿方式、赔偿项目和赔偿数额依照本法第四章的规定进行协商。”可见在国家赔偿程序中，对于赔偿方式、赔偿项目和赔偿数额都可以进行协商。
C选项当选。在国家赔偿对受害人人身自由损害的赔偿范围中，只有受害人实际被限制人身自由的期限才属于赔偿范围，取保候审期间方某的人身自由没有受到实际的限制，因此不属于国家赔偿的范围。
D选项不当选。《国家赔偿法》第33条规定:“侵犯公民人身自由的，每日赔偿金按照国家上年度职工日平均工资计算。”同时最高法院、最高检察院2016年《关于办理刑事赔偿案件适用法律若干问题的解释》第21条第1款规定:“国家赔偿法第三十三条、第三十四条规定的上年度，是指赔偿义务机关作出赔偿决定时的上一年度;复议机关或者人民法院赔偿委员会改变原赔偿决定，按照新作出决定时的上一年度国家职工平均工资标准计算人身自由赔偿金。”因此对方某的赔偿金应该依据赔偿义务机关作出赔偿决定的上一年度职工日平均工资计算，本案中方某是在2014年3月2日才申请国家赔偿，因此2012年肯定不是赔偿义务机关作出赔偿决定的上一年度。
综上，本题的正确答案为C。
