植物基因组提取过程中，液氮冷冻及研磨的作用是对样品进行急冻，使样品变硬，变脆，这样可以保证研磨的时候能够充分，均匀，DNA释放更充分。另外，提供一个相对低温的环境，对保证样品的稳定性也有帮助。CTAB（十六烷基三甲基溴化铵)，是一种阳离子去污剂,具有从低离子强度溶液中沉淀核酸与酸性多聚糖的特性。在高离子强度的溶液中(>0.7mol/L NaCl)，CTAB与蛋白质和多聚糖形成复合物，只是不能沉淀核酸。使用苯酚抽提细胞DNA时，苯酚的作用是使蛋白质变性，同时抑制了DNase的降解作用，氯仿的作用是克服酚的缺点；加速有机相与液相分层。 最后用氯仿抽提：去除核酸溶液中的迹量酚，异戊醇可以减少蛋白质变性操作过程中产生的气泡，用酚：氯仿：异戊醇（25：:24:1）PH>7.8抽提，去蛋白，其后依旧用异丙醇沉淀，70%乙醇洗，并去除小分子RNA。
