在原核生物中，起始密码子对应的氨基酸为甲硫氨酸，所以起始氨基酸总是甲硫氨酸或者甲酰化的甲硫氨酸。

在最终形成的肽段中，起始氨基酸并非总是甲硫氨酸或者甲酰化的甲硫氨酸。因为在肽段形成后，起始氨基酸部位往往会在去甲酰化酶催化下去除甲酰化或者在氨基肽酶作用下切割掉最初的甲酰化甲硫氨酸，从而形成新的起始氨基酸。