1916年讨袁护国战争爆发后，滇军将领李烈钧任护国军第二军总司令，率部入粤与桂军联合作战，打败了追随袁世凯的广东军阀龙济光部。
护国战争后，入粤滇军编为滇军第三、第四师，张开儒、方声涛分任师长，成为孙中山可资依赖的军队。1918年3月，唐继尧令入粤滇军改为靖国第六军，任李根源为军长。
1920年2月，入粤滇军分化，李烈钧接任入粤滇军总司令。3月，李根源率部分滇军移驻海南岛，改称“海疆军”。
后为陈炯明编遣。1922年陈炯明叛变后，以张开儒为副总司令的滇军应孙中山之召第二次入粤，讨伐陈炯明。
途中发生内讧，杨希闵被举为代总司令。1923年1月讨贼联军占领广州后，孙中山任命杨希闵为中央直辖滇军总司令。
1924年10月，广东革命政府令入粤滇军改编为建国滇军，杨希闵任总指挥。第二次入粤滇军曾为孙中山所倚重，在平定沈鸿英叛乱及讨伐陈炯明战争中起过作用。
但1925年6月驻粤滇军总司令杨希闵和驻粤桂军总司令刘震寰，在广州发动叛乱，图谋推翻革命政府。广东革命政府当即下令讨伐，第二次入粤滇军覆灭。