波拿巴对埃及的远征使法国增加了新的敌人，俄国和土耳其因此先后向法国宣战。
督政府的扩张政策(兼并米卢斯、日内瓦、蒙贝利亚尔，建立姐妹共和州)也引起了欧洲各国新的不安。1798年底新的反法联盟建立起来。这次是由俄国牵头，英国出钱，纠集了土耳其、拿不勒斯、奥地利和瑞典等国。反法联军在初期战绩不儿，迫使法军退出菜茵河右岸和意大利。
1799年，法军挫败在荷兰登陆的英俄联军，接着又在苏黎世击溃俄军主力；1800年，莫罗在霍恩林登、波拿巴在马伦哥大败奥军，迫使奥地利于1801年同法国签订吕内维尔和约；3月，拿不勒斯求和，接着俄国和土耳其也在10月请求停战。最后英国也只好在1802年3月与法国签订阿眠和约。
第二次反法联盟寿终正寝。
但是法国同欧洲列强的矛盾并未解决。
在拿破仑时代，列强又先后组织了五次反法联盟。