清朝设在天山南北的军政机构。清朝先后平定准噶尔统治集团和大小和卓的叛乱，统一新疆后，为了加强边防，实行军府制，于乾隆二十七年(1762)十月设立伊犁将军府，任命“总统伊犁等处将军”一员，统管天山南北的军事和民政，节制喀什噶尔参赞大臣、塔尔巴哈台参赞大臣、乌鲁木齐都统及回部(维吾尔)、哈萨克、蒙古各扎萨克王公，治所设在伊犁惠远城。新疆建省后，伊犁将军府的职权大为减小，仅管伊犁和塔尔巴哈台二地的军事。辛亥革命后废止，新疆都督杨增新在伊犁地区改设镇边使，仅管伊犁一地的军事和民政。