1957年春，肃南县筹办第一所初级师范班。年底，县政府决定在此基础上成立肃南裕固族自治县初级中学。1958年秋，招收1个初中班，共有学生53人。1968年增设高中班。1969年，与红湾小学合并。1972年，恢复肃南一中。1987年，改名为“肃南裕固族自治县第一中学”。1988年，修建了教学大楼，其建筑面积为3637平方米，大大改善了教学条件。