格鲁派创立的两大活佛转世系统之一。1543年，格鲁派也采用了活佛转世制度。他们认定堆隆地方一个贵族家的孩子索南嘉措为哲蚌、色拉两寺堪布根敦嘉措的转世。1578年，索南嘉措与蒙古土默特部俺答汗在青海湖畔仰华寺相见。俺答汗赠索南嘉措为“圣识一切瓦齐尔达喇达赖喇嘛”的尊号。“圣”是超出凡位的意思；“识一切”，是藏传佛教对在显教方面有最高成就的僧人的称号；“瓦齐尔达喇”译自梵文Vajradhra，意为执金刚，是对在密教方面有最高成就的僧人的称号；“达赖”，为他的名字嘉措的蒙语音译，意为海；“喇嘛”，藏语音译，意为上师。这一称号就是尊崇索南嘉措是在显、密两宗都已达到最高成就的超凡入圣的海上师，简称为达赖喇嘛。以此，索南嘉措这一转世系统有了达赖这一称号。为了和宗喀巴接上法统，他们遂追认宗喀巴的弟子，札什伦布寺的创建者根敦朱巴为一世达赖喇嘛，根教嘉措为二世达赖喇嘛，索南嘉措则为三世达赖喇嘛。从此这一系的转世活佛一直沿袭达赖喇嘛的称号，至今已14世，他们是：
第一世 根敦朱巴
第二世 根敦嘉措
第三世 索南嘉措
第四世 云丹嘉措
第五世 阿旺罗桑嘉措
第六世 仓央嘉措
第七世 罗桑噶桑嘉措
第八世 强白嘉措
第九世 隆朵嘉措
第十世 楚臣嘉措
第十一世 凯珠嘉措
第十二世 成烈嘉措
第十三世 土登嘉措
第十四世 丹增嘉措
