国务院日常办公机构为办公厅，负责国务院日常行政事务工作，由秘书长领导。
协助国务院总理办理专门事项工作机构为办事机构，由国务院决定设立，有6个：国务院特区办公室、国务院港澳办公室、国务院侨务办公室、国务院外事办公室、国务院法制局和国务院研究室。每个机构设负责人2至5人。此外，国务院还设置事业单位5个：新华通讯社、中国科学院、中国社会科学院、国务院经济技术社会发展研究中心、国务院农村发展研究中心。